ويترتب على نظام التسوية الصلحية في الجرائم الكمركية باعتباره وسيلة لإدارة الدعوى الجزائية بصورة ودية تتم بين الجهة المختصة والمخالف ، إذا توفرت شروطه وتم بصورة قانونية ، وقف الملاحقات القضائية للمخالف ، وانقضاء الدعوى الجزائية إذا تم عقد التسوية الصلحية قبل إقامة الدعوى الجزائية أو بعد إقامتها أو خلال النظر فيها ، أما إذا تم عقد تسوية صلحية مع المخالف بعد صدور حكم في الدعوى الجزائية من المحكمة الكمركية المختصة شرط قبل اكتسابه درجة البتات فأنه يترتب عليه إسقاط الغرامة الكمركية (التعويض المدني) ، إسقاط عقوبة الغرامة ، إسقاط عقوبة الحبس ما لم يكن الحكم بشأنها قد اكتسب الدرجة البتات وذلك مقابل مبلغ معين يتفق عليه الطرفان .