يمارس مجلس شورى الدولة اختصاصه الاستشاري من خلال إصدار الفتاوى والآراء القانونية للوزارات والجهات غير المرتبطة بوزارة وتتولى هذه المهمة الهيئات الاستشارية وهي كل من الهيئة العامة وهيئة الرئاسة والهيئة المتخصصة.
إذ إن الهيئات الاستشارية أنفة الذكر تمارس اختصاصات مختلفة في مجال التقنين وفي مجال إبداء الرأي القانوني وتقديم المشورة القانونية.
وقد استطاع مجلس شورى الدولة من خلال ممارسة اختصاصه الاستشاري أن يوفر حماية للحقوق والحريات العامة، إذ ساهم في حماية الحقوق والحريات الشخصية من خلال إصدار الفتاوى التي تنص على عدم جواز حجز الأفراد دون قرار قضائي وتعطيل التشريعات التي صدرت في زمن النظام السابق والتي كانت تمنح أعضاء في السلطة التنفيذية كالوزراء والمحافظين صلاحية حجز الأفراد بقرار إداري، كما ساهم المجلس في حماية الحقوق والحريات الفكرية من خلال إفتائه باحترام الحرية الدينية وحق التعليم.
وكان للمجلس دور في حماية الحقوق والحريات الاقتصادية من خلال إصدار العديد من الفتاوى بشأن حماية حق الملكية والتأكيد على احترام هذا الحق من خلال منع رئيس السلطة التنفيذية من إصدار أوامر إدارية بحجز عقارات الأفراد دون صدور حكم قضائي، وكذلك ساهم المجلس في حماية حرية التجارة من خلال الإفتاء بحرية تأسيس الشركات التي تعمل في مجال تشغيل العمال دون استحصال موافقة الجهة القطاعية.
وأخيراً لعب المجلس دور في حماية الحقوق والحريات الاجتماعية من خلال إصدار الفتاوى التي تحمي حق العمل وحق العامل في الحصول على الأجر المناسب وما يعد من متممات الأجر كالإكرامية.
