بعد الانتهاء من مرحلة المحاكمة وصيرورة الحكم نهائياً فى المحاكم الجنائية الدولية ، تأتي مرحلة تنفيذ هذه الاحكام التي تصدرها المحكمة، ومدى حجيتها ازاء القضاء الوطني ، واستنادًا إلى مبدأ التكامل فإن الأحكام التي تصدرها المحكمة الجنائية الدولية يكون لها الحجية إزاء القضاء الوطني، وإزاء المحكمة الجنائية الدولية ذاتها؛ حيث لا يجوز محاكمة الشخص عن الجريمة ذاتها مرتين سواءً أمام المحكمة الجنائية الدولية، أو أمام المحاكم الجنائية الوطنية عن سلوك شكل الأساس لجرائم كانت المحكمة قد أدانت الشخص بها، أو برأته منها، كل ذلك بشرط أن تجري المحاكمة وفقا لما قرره النظام الأساسي للمحكمة الجنائية الدولية، والقواعد الإجرائية، وقواعد الإثبات؛ فإذا ما جاءت المحاكمة على خلاف ذلك فإن هذه الأحكام لا تكون لها الحجية، كما يعتمد في تنفيذ هذه الاحكام على الدول الاطراف في الاتفاق او الدول التي قبلت باختصاص المحكمة حيالها بموجب اتفاق ثنائي بين هذه الدولة والمحكمة ، سواء كان ذلك فى تنفيذ العقوبات السالبة للحرية او العقوبات المالية ، غير أنها قد احتفظت لنفسها في نظامها الاساسي بسلطة الاشراف والمراقبة على الدول فى عمليات تنفيذ الاحكام .
