تستمد الجامعات تنظيماتها الإدارية وصلاحياتها من قانون الوزارة رقم (40) لسنة 1988 وقانون الخدمة الجامعية رقم (23) لسنة 2008. اذ توجد مركزية في صلاحيات الجامعات والكليات وتنظيماتها الإدارية محددة بقانون الوزارة والأنظمة والتعليمات ذات الصلة ولا يجوز مخالفتها الا بتعديلها من البرلمان او بنظام او تعليمات من الوزارة وبالتالي لا تكون للجامعة والكلية القدرة على تطوير نفسها الا بتشريعات جديدة قد تتطلب سنوات لإقرارها او منحها صلاحيات بهذا الخصوص.

وهناك عدة معوقات تساهم في عرقلة تطوير التنظيم الإداري للجامعات والكليات في العراق بعضها تشريعية تتعلق بسياسة الدولة وبعضها فنية تتعلق بضرورة تطوير القيادات والكادر الوظيفي وبعضها إدارية ومالية، اما الحلول المقترحة هي لا بد من معالجة التشريعات المتعلقة بالتعليم العالي واهمها قانون وزارة التعليم العالي لسنة 1988 لكي تستطيع الجامعات والكليات تطوير نفسها والتوسع واللامركزية في صلاحياتها وعملها بما يخدم التنظيم الإداري لها, والتزام الجهات التنفيذية بتشريعات استحداث المؤسسات الجامعية (جامعات وكليات وغيرها) بحيث يكون الاستحداث بعد إتمام المتطلبات من بنى تحتية واموال، وتشكيل لجنة حكومية عليا تتألف من (التعليم العالي والتخطيط والمالية) للتفتيش على جميع الجامعات وخصوصا هيكلها الإداري والمالي والتدريسي والبنى التحتية وبالتالي محاسبة القيادات الجامعية العليا المتلكئة في عملها. ومن اجل ان يكون هناك تكاملية للتنظيم الاداري في الجامعات الزام كل جامعة بتأسيس مركز للدراسات والبحوث الاستراتيجية او الدولية بعد اكمال متطلباته او مراكز علمية وإدارية متطورة يساعد الجامعة على الوصول الى الإقليمية والعالمية من جهة، ويكون عونا في حصول الجامعة على مورد مالي جيد عن طريق الابتكارات وبراءات الاختراع، وأخيرا ضرورة تأسيس مجلس يعنى بالجامعات باسم (مجلس تنظيم الجامعات العراقية) يتألف من كل الجامعات الحكومية الرسمية إضافة الى ممثل عن الجامعات الاهلية هدفه وضع خطط عملية قابلة للتنفيذ لتطوير الجامعات اداريا وأكاديميا وماليا إضافة الى تقديم استشارات الى الحكومة قبل صدور قرارات أنشاء جامعات او كليات جديدة للحفاظ على جودة التعليم العالي في العراق والقدرة على منافسة الجامعات الإقليمية والعالمية.