تعد مدرسة فرنك عيني اليهودية من المؤسسات التعليمية الحديثة في بغداد التي أسسها التاجر اليهودي فرنك يعقوب عيني في العام ١٩٤١ ، وتولى إدارتها والإشراف عليها لجنة المدارس الأهلية الإسرائيلية المسؤولة على شؤون التربية والتعليم للطائفة اليهودية التابعة للمجلس الجسماني الإسرائيلي .وفي العام ١٩٦٧ أشرفت اللجنة الإدارية لليهود العراقيين على شؤونها الإدارية بعد إلغاء المجلس الجسماني الإسرائيلي .
استمرت المدرسة في الوجود حتى العام ١٩٧٣ بعد ان اغلقت بسبب قلة أعداد الطلبة أثر تقلص أعداد اليهود القاطنين في بغداد ،فضلاً عن التدهور الاقتصادي وتضاؤل الدعم المادي للطائفة ،بعد أن وضعت أوقاف اليهود وأموالهم تحت تصرف مديرية الأموال المجمدة العامة ، التي كانت تعتمد على وارداتها للأنفاق على المدارس اليهودية .وبعد إغلاقها أشغل مبنى المدرسة من قبل (الاعدادية النظامية للبنين) الحكومية . وبحكم ذلك أقدمت رئاسة الطائفة الموسوية في بغداد بمنح جميع المحتويات والموجودات العينية والنقدية الخاصة لمدرستي متوسطة فرنك عيني وإعدادية شماش الى إدارة الإعدادية النظامية. واستولت الحكومة العراقية على بناية المدرسة التي تعود أوقافها الى الطائفة الموسوية في بغداد بموجب القرار المرقم (٢٨٤) والصادر في ٦ آذار ١٩٧٥ حول استملاك أبنية المدارس الأهلية والأجنبية من قبل الدولة بعد تأميمها وإغلاقها .