أتبع أبو المعالي منهجا خاصاً في تدوين تاريخ بيت المقدس، إذ جعل كتابه" فضائل بيت المقدس"، "مبوباً" على أساس الموضوعات" العنوانين" التي بلغ عددها مائة وخمسة عشراً باباً، حرص أبو المعالي أن تكون العنوانين مطابقة لمضمون الأبواب، إذ كان يورد للموضوع الواحد جميع ما يتصل به من أخبار محاولاً إلمام القارئ بجميع ما يتصل به من مادة علمية، ومن منهجه في شرح الروايات إذ اتبع منهج التعليق على الرواية، سواءً كان ذلك متعلق بسندها أو متنها، أو تعقيباً لها بشرح راجيا تقديم فائدة علمية للقارئ، دالا بذلك على أهليته بالرواية وما يخصها، كماعمل على توضيح بعض الكلمات وبيان معانيها ساعياً في كل ذلك أن يخرج كتابه" فضائل بيت المقدس"، في أفضل واوضح صورة، ما جعل كتابه خالٍ من العبارات غير المفهومة.